आयोजनाले ट्रान्समिशन लाइनका लागि ९० हेक्टरका सामुदायिक वन र निजी वनका छ हजार ९९७ रूख काट्नलाई निर्माण कम्पनीले नेपाल सरकारसँग माग गरेको थियो । अरुण तेस्रो परियोजनाको ५०१ ट्रान्समिशन लाइनमध्ये सङ्खुवासभामा ४३ ठूला टावर रहने कम्पनीले जनाएको छ । आयोजनास्थल ड्याम साइड र पावर हाउसमा लगिने ३३ केभी प्रसारण लाइनले ९९४ र २२० को कोशी करिडोरले ७३० रूख काटिने सहायक वन अधिकृत पराजुलीले बताउनुभयो । उहाँका अनुसार ड्याम साइड, पावर हाउस पुखुवामा १२३.२२ हेक्टर, कोशी करिडोर ४.३७ हेक्टर र ३३ केभीका लागि ४.९८ हेक्टर क्षेत्रमा रूख काट्न मन्त्रिपरिषद्ले अनुमति दिई रूख काट्ने काम ९० प्रतिशत छ । विद्युत् प्रसारण लाइन हुने करीब दुई किलोमिटर लम्बाइ र ४६ मिटर चौडाइ क्षेत्रका रूख काट्नु पर्नेछ । अरुण तेस्रो जलविद्युत् परियोजनाले मकालु राष्ट्रिय निकुञ्ज क्षेत्रको ४४.१८ हेक्टर वन प्रयोग गरेको छ । वन ऐनअनुसार विद्युत् प्रसारण लाइन निर्माणका लागि राष्ट्रिय निकुञ्ज क्षेत्रमा एक रूख बराबर २५ बिरुवा र अन्य वन क्षेत्रमा एक रूख बराबर दुई बिरुवा लगाउनुपर्ने कानूनी प्रावधान छ । जिल्लामा निर्माणाधीन रहेका साना तथा ठूला विद्युत् आयोजनाबाट १४ हजार २१ रूख काटिनेछन् ।